L'antenne de Bayonne se situe sur le campus de la Nive, en plein cœur du Petit Bayonne. Cet ancien site militaire du Château neuf mêle harmonieusement anciennes casernes, contreforts, bastions et bâtiments neufs. Depuis 2008, le campus accueille plusieurs formations du département d'Etudes basques (UFR Langues et civilisations). Les formations présentes sur le campus de la Nive sont les suivantes :
D'autre part, l'unité de recherche l'UMR (Unité Mixte de Recherche) IKER spécialisée sur la langue et les textes basques est également présent sur le site. Elle constitue la seule structure spécialisée dans le domaine des Etudes basques en France.
Pour se rendre sur la campus de la Nive en bus, depuis la gare, le réseau Txik Txak propose une ligne gare-université. La ville de Bayonne propose également des zones de stationnement pour les vélos, ainsi que des pistes cyclables. Pour le stationnement des étudiants, elle met en place un abonnement Etudiant au parking de Glain (cinéma CGR).
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