La Universidad Michel de Montaigne – Burdeos 3 entretiene lazos estrechos con el Consejo regional de Aquitania par medio del Comité consultativo regional de la investigación y del desarrollo tecnológico (CCRRDT). El Consejo regional cofinancia los programas de investigación y financia los subsidios doctorales y posdoctorales ligados a esos programas.
La Agencia Nacional de la Investigación (ANR) financia igualmente los programas de investigación llevados a cabo por los investigadores o docentes-investigadores de la universidad o aún de los programas en los cuales participan los miembros de sus equipos de investigación.
Por fin, ciertos programas de investigación llevados a cabo por los investigadores o docentes-investigadores de la universidad benefician de financiamientos europeos o internacionales, al título de programas como: Colaboraciones Hubert Curien, Intensive Program, etc.